Giáo nghĩa cốt tủy của kinh Viên Giác là lời Phật chỉ bày "Tánh Viên Giác" đều có sẳn nơi mỗi chúng sanh. "Viên Giác" là kết quả tu tập hay là Viên Giác là sự sáng suốt, tánh tròn đầy, là Phật quả. Muốn đạt đến Viên Giác phải dùng "bản nhân địa' để thấu suốt vô minh vì vô minh và bản giác cùng chung trong tâm, nên tánh giác không thể không có vô minh. Có vô minh hay không có vô minh đều bỏ là tùy thuận tánh tịnh Viên Giác. Qua bài kệ sau, đức Thế Tôn muốn truyền lại ý nghĩa của kinh: ( Các đoạn, hoặc kệ Phật nói trích trong kinh Viên Giác do TS. Thích Thanh Từ dịch từ Hán Văn)
Văn Thù ông nên biết
Tất cả các Như Lai
Từ nơi bản nhân địa
Đều dùng giác trí tuệ
Thấu suốt được vô minh
Biết kia hoa trong hư không
Là hay khỏi luân chuyển
Lại như người trong mộng
Khi tỉnh chẳng có gì
Tánh giác như hư không
Bình đẳng không động chuyển
Giác khắp mười phương cõi
Liền được thành Phật đạo
Huyễn diệt không nơi chốn
Thành đạo cũng không đắc
Tánh nó tròn đầy
Hay phát tâm Bồ Đề
Các chúng sanh đời sau
Tu theo đây khỏi tà kiến
Tất các vị Phật đều dùng Giác Trí Tuệ làm phương pháp tu tập để biến vô minh thành Tánh Giác. Phật chỉ bày "vô minh từ vô thủy đến bây giờ, các thứ điên đảo như nguời mê bốn phương đổi chỗ; họ vọng nhận tứ đại là tự thân, bóng dáng duyên theo sáu trần làm tướng tự tâm. Giống như con mắt bệnh thấy hoa đốm trong hư không và mặt trăng thứ hai. Này Thiện nam tử ! Hư không thực không có hoa mà người bệnh lầm chấp, do vọng chấp nên chẳng những lầm tự tánh của hư không mà cũng lầm luôn hoa ở trong hư không không thật có chỗ sanh. Do vọng chấp này mà có luân hồi sanh tử cho nên gọi là vô minh."
Muốn thấu suốt vô minh, chúng ta cần phải biết thế nào là Giác Trí Tuệ, để làm bản
nhân địa tu tập. Thật ra Vô Minh là dòng Tâm Thức của chúng ta. Kết cấu tâm thức như chúng ta đã biết, khi nhận thức sự vật là ta đã dùng ý trí tác động với lục căn hòa hợp với lục trần mới có lục thức hay tâm thức. Thí dụ như nhãn căn, khi mắt nhìn một vật, là thể không của sự vật hội tụ ở võng mạt mắt, và thể không của ý trí (Trí) đồng thể không của sự vật, nên mới hòa hợp thành nhãn thức. Nhãn thức hay tâm thức do duyên hợp của lục trần và lục căn mới thành hình. [Bóng dáng sự vật in hình trong hư không, cho nên ta thấy tướng không của nó hội tụ ở võng mạt mắt. Hư không thì cố định có sẵn, không khởi diệt và thường hằng, còn bóng dáng sự vật thì không thật và luôn luân chuyển hay duyên sanh]. Vậy tâm thức không thật, luôn biến đổi và sanh diệt. Ý trí tác năng [hư không] thì thường hằng, không thay đổi, cố định. Tâm thức đó đồng nghĩa với vô minh.
Thật vậy, vô minh là sự nhận thức lầm lẫn của căn trần, ví như nhãn căn, khi ta thấy
được một vật gì, thì chỉ thấy hình ảnh bóng dáng nó mà thôi, ta tưởng là thấy sự vật thật; cũng vậy, ta tưởng thân tứ đại là tướng tự thân, và lầm chấp tâm thức (lục thức) cho là tự tánh của hư không. Phật nói: "Thiện nam tử ! Vô minh này chẳng thật có cái thể cố định.
Ví như người trong mộng, trong khi mộng thì chẳng phải không, mà khi thức dậy rõ ràng không thể có. Như các hoa diệt ở trong hư không, chẳng phải nói là có chỗ diệt nhứt định.
Vì cớ sao? Vì không có chỗ sanh vậy. Tất cả chúng sanh ở trong vô sanh mà vọng thấy có sanh diệt cho nên gọi là luân hồi sanh tử. Người tu Viên Giác nhân địa của Như Lai biết được "KHÔNG HOA" nầy là dứt luân chuyển. Cũng không có thân tâm thọ cái sanh tử lìa.
Chẳng phải do làm nó không mà bản tánh nó là không vậy. Cái tri giác kia giống như hư không. Biết cái hư không đó là tướng không hoa cũng không thể nói là không có tánh tri giác. Có không đều bỏ ấy gọi là tùy thuận tánh thanh tịnh Viên Giác. Vì cớ sao? Vì tánh hư không là bất động. Trong Như Lai Tàng không có khởi diệt, vì không có tri kiến như pháp giới tánh rốt ráo viên mãn khắp cả mười phương. Ấy gọi là nhân địa pháp hạnh. Bồ Tát nhân đây ở trong Đại Thừa phát tâm thanh tịnh. Những chúng sanh đời sau y đây tu hành thì chẳng rơi vào tà kiến